أنشئت “مؤسسة الأعمال الخيرية لعمارة المساجد” بتنظيمها الحديث، باعتبارها مؤسسة خيرية ذات شخصية اعتبارية مستقلة، تحت مظلة وزارة الشؤون الإسلامية والدعوة والإرشاد، وسجلت برقم (1/1) وباشرت عملها في19-08-1432هـ لتكون المؤسسة الأولى في مجال عمارة المساجد في المملكة العربية السعودية وبعد صدور قرار مجلس الوزراء رقم (61) وتاريخ 18-02-1437هـ المشتمل على النظام الجديد للجمعيات والمؤسسات الأهلية، تحول مسمى المؤسسة إلى “جمعية عمارة المساجد” وسجلت برقم (3154) في وزارة العمل والتنمية الاجتماعية، لتصبح جمعية أهلية، تشرف عليها وزارة الموارد البشرية والتنمية الاجتماعية مالياً وإدارياً، بينما تشرف عليها وزارة الشؤون الإسلامية والدعوة والإرشاد فنياً.